Πρόκειται για μόνιμη έκθεση που σχεδιάστηκε ακολουθώντας τις αρχές της σύγχρονης μουσειολογίας, όπου το Σπήλαιο των Λιμνών προσεγγίζεται σφαιρικά, ως γεωλογική γεωμορφή, ως αρχαιολογική και παλαιοντολογική θέση, ως τόπος έρευνας, εξερεύνησης και τουριστικής ανάδειξης, αλλά κυρίως ως τμήμα του ευρύτερου φυσικού  περιβάλλοντος του Γεωπάρκου Χελμού Βουραϊκού, από το οποίο επηρεάζεται και ως μέρος του οποίου εξελίσσεται στη διάρκεια μερικών εκατομμυρίων ετών. Το σπήλαιο αποτελεί μνημείο της φύσης και στόχος είναι να αποτελέσει αφορμή για την κατανόηση της αλληλεπίδρασης των στοιχείων (βιοτικών και αβιοτικών) της και της ανάγκης για ομαλή συνύπαρξη του ανθρώπου με το φυσικό περιβάλλον. Προάγεται έτσι η βιώσιμη ανάπτυξη του τόπου και η συνεργασία των τοπικών φορέων με την επιστημονική κοινότητα.

Η περιήγηση στην έκθεση συνδυάζει τις εναλλαγές πληροφοριών με τις εναλλαγές τεχνικών φωτισμού και ενίσχυσης και επαύξησης του περιβάλλοντος, σε διαρκή διασύνδεση με το σπήλαιο.